About

岩嵜航: 東北大学生命科学研究科
 進化ゲノミクス分野牧野研究室特任助教
Watal M. Iwasaki, PhD: Project Assistant Professor in Laboratory of Evolutionary Genomics,
Graduate School of Life Sciences, Tohoku University
Address: 980-8578 仙台市青葉区荒巻字青葉6-3 東北大学理学部生物棟; Biology bldg., Tohoku University, Aramaki Aoba 6-3, Sendai, 980-8578, Japan; +81-22-795-6693
Contacts: heavywatalあgmail.com

Education

2013-09: Doctor of Life Sciences, Graduate School of Life Sciences, Tohoku University. (Prof. Masakado Kawata)
“Evolution of Diversity and Complexity by Cryptic Variations in Gene Regulatory Networks”
2008-03: Bachelor of Science, Biological Institute, Faculty of Science, Tohoku University. (Prof. Masakado Kawata)

Academic Positions

2019-09 – Current: Project Assistant Professor in Makino Laboratory, Tohoku University.
2013-10 – 2019-08: Postdoctoral fellow in Innan Laboratory, SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies).
2010-07 – 2013-03: JSPS Research Fellow (DC1) in Kawata Laboratory, Tohoku University.

Publications

Preprints

Takeshi Kuroha, Fabien Lombardo, Watal M. Iwasaki, Svetlana Chechetka, Yoshihiro Kawahara, Akiko Yoshida, Junko Kyozuka, Takashi Makino, Hitoshi Yoshida. https://doi.org/10.1101/2024.09.17.612847; Fine-Tuning TAWAWA1-Mediated Panicle Architecture by Genome Editing of a Downstream Conserved Noncoding Sequence in Rice.
Watal M. Iwasaki, Kosuke Aoki, Ryuichi Sugino, Atsushi Natsume, Hideki Innan. https://dx.doi.org/10.2139/ssrn.4191903; Simulating Cancer Evolution and Intratumor Heterogeneity Reveals the Optimal Number of Biopsy Samples for NGS-Based Cancer Gene Testing.

Articles

Watal M. Iwasaki*, T. E. Kijima* (equally contributed), Hideki Innan. (2020) Mol. Biol. Evol. 37(2) 355–364; Population Genetics and Molecular Evolution of DNA Sequences in Transposable Elements. II. Accumulation of Variation and Evolution of a New Subfamily.
Jeffrey A. Fawcett, Fumio Sato, Takahiro Sakamoto, Watal M. Iwasaki, Teruaki Tozaki, Hideki Innan. (2019) PLoS ONE 14(7): e0218407; Genome-wide SNP analysis of Japanese Thoroughbred racehorses
Atsushi Niida, Watal M. Iwasaki, Hideki Innan. (2018) Mol. Biol. Evol. 35(6) 1316–1321; Neutral Theory in Cancer Cell Population Genetics.
Yusuke Okamoto, Watal M. Iwasaki, Kazuto Kugou, Kazuki Takahashi, Arisa Oda, Koichi Sato, Wataru Kobayashi, Hidehiko Kawai, Ryo Sakasai, Akifumi Takaori-Kondo, Takashi Yamamoto, Masato T. Kanemaki, Masato Taoka, Toshiaki Isobe, Hitoshi Kurumizaka, Hideki Innan, Kunihiro Ohta, Masamichi Ishiai, Minoru Takata. (2018) Nucleic Acids Research 46(6) 2932–2944; Replication stress induces accumulation of FANCD2 at central region of large fragile genes.
Satoshi Tamate*, Watal M. Iwasaki* (equally contributed), Kenneth L. Krysko, Brian Composano, Hideaki Mori, Ryo Funayama, Keiko Nakayama, Takashi Makino and Masakado Kawata. (2017) Sci. Rep. 7(18008); Inferring evolutionary responses of Anolis carolinensis introduced into the Ogasawara archipelago using whole genome sequence data.
Watal M. Iwasaki and Hideki Innan. (2017) PLOS ONE 12(9): e0184229; Simulation Framework for Generating Intratumor Heterogeneity Patterns in a Cancer Cell Population.
Takahiro Yamanoi and Watal M. Iwasaki. (2015) Evolution: Education and Outreach 8:14; Origami Bird Simulator: a teaching resource linking natural selection and speciation.
Hajime Wakasa, Antonio Cádiz, Lázaro M. Echenique-Díaz, Watal M. Iwasaki, Namiko Kamiyama, Yuki Nishimura, Hitoshi Yokoyama, Koji Tamura, and Masakado Kawata. (2015) J. Exp. Zool. B Mol. Dev. Evol. 324 5: 410–423; Developmental stages for the divergence of relative limb length between a twig and a trunk-ground Anolis lizard species.
Tezuka, A., S. Kasagi, C. van Oosterhout, M. McMullan, Watal M. Iwasaki, D. Kasai, M. Yamamichi, H. Innan, S. Kawamura, and M. Kawata. (2014) Heredity 113: 381–389; Divergent selection on opsin gene variation in guppy (Poecilia reticulata) populations of Trinidad and Tobago.
Watal M. Iwasaki, Masaki E. Tsuda, Masakado Kawata. (2013) BMC Evol. Biol. 13:91; Genetic and environmental factors affecting cryptic variations in gene regulatory networks.

Book Chapters

Atsushi Niida and Watal M. Iwasaki “Agent-Based Modeling and Analysis of Cancer Evolution”, Chapter 4 in Simulation Modeling, (2022) IntechOpen
印南秀樹、岩嵜航、新井田厚司「がんゲノミクスと集団遺伝学の融合」 BIO Clinica 33:6 (2018-06) 小川誠司(編) 北隆館
岩嵜航、印南秀樹「第3章ゲノム進化メカニズムと情報学的解析」ゲノムを司るインターメア — 非コードDNAの新たな展開 (2015-11) 小林武彦(編) 化学同人
岩嵜航、木村幹子「第6章 SRを高めるための教育、メディアとは」社会的責任学入門—環境危機時代に適応する7つの教養 (2011-06) 東北大学生態適応GCOEチームPEM 東北大学出版会

Presentations

Invited

Watal M. Iwasaki and Hideki Innan “Comprehensive Framework for Evolutionary Simulation of Intratumor Heterogeneity” International Workshop for Systems Genetics 2018 (IWSG2018) (2018-11) Tokyo
岩嵜航「隠蔽変異を介して相互に促進される生命システムの複雑化と多様化」第6回Evo-Devo青年の会 — 新奇性の生まれるとき (2013-07) 東京大学三崎臨海実習所
岩嵜航・津田真樹・河田雅圭「環境と発生システムの相互作用が制限または増進する進化可能性」(自由集会「esj60w」嶋田正和・三浦徹) 日本生態学会第60回大会 (2013-03) 静岡
Watal M. Iwasaki, Masaki E. Tsuda, Masakado Kawata “Revealing Genetic and Environmental Factors that Affect Cryptic Variations in Gene Regulatory Networks by Individual-Based Model” RCIS International Conference (2012-11) Okayama University, Japan
岩嵜航・津田真樹・河田雅圭「遺伝子制御ネットワークが隠蔽する新奇形質」個体群生態学会第28回大会 (2012-10) 東邦大学

Organizing

岩嵜航「新奇形質獲得への裏口：ランダムな前適応と遺伝的同化」日本進化学会第11回年会 (2009-09) 北海道大学

Oral

Watal M. Iwasaki, Hideki Innan. “Evolution of Genetic Diversity within Tumors” 日本進化学会第21回大会 (2019-08) 北海道大学
岩嵜航・印南秀樹「tumopp: 腫瘍内不均一性の進化シミュレーション」日本遺伝学会第89回大会 (2017-09) 岡山大学
岩嵜航・河田雅圭「隠蔽変異を介して相互に促進される生命システムの複雑化と多様化」日本進化学会第15回年会 (2013-08) 筑波大学
岩嵜航・津田真樹・河田雅圭「遺伝子制御ネットワークの隠れた変異がもたらす表現型可塑性の多型」日本進化学会第11回年会 (2009-09) 北海道大学

Poster

Watal M. Iwasaki, Hideki Innan “Simulation of Intratumor Heterogeneity and its Medical Implication” POB-093, SMBE2018 (2018-07) Yokohama, Japan
岩嵜航・津田真樹・河田雅圭「遺伝子制御ネットワークの進化と隠蔽変異の蓄積に対する生息環境の効果」日本進化学会第14回年会 (2012-08) 首都大学東京
岩嵜航・津田真樹・河田雅圭「Evolutionary Model of Cryptic Variations in Gene Regulatory Networks」日本進化学会第13回年会 (2011-07) 京都大学
Watal M. Iwasaki, Masaki Tsuda, Masakado Kawata “Evolutionary Model of Cryptic Variations in Gene Regulatory Networks” Annual Meeting of Society for Molecular Biology and Evolution (SMBE2011) (2011-07) Kyoto University, Japan
岩嵜航・津田真樹・河田雅圭「環境変化で出現する新奇形質：遺伝子制御ネットワークの隠蔽変異が適応進化を促進」日本生態学会第58回大会 (2011-03) 札幌
岩嵜航・津田真樹・河田雅圭「隠蔽変異を介した表現型多様性創出における選択圧の影響：遺伝子制御ネットワークの個体ベースモデル」日本進化学会第12回年会 (2010-08) 東京工業大学
岩嵜航・津田真樹・河田雅圭「隠れた変異の蓄積と顕在化に与える環境変動の影響：遺伝子制御ネットワークの個体ベースモデル」日本生態学会第57回大会 (2010-03) 東京大学
Watal M. Iwasaki, Masaki Tsuda, Masakado Kawata “Cryptic polymorphisms induced by environments in phenotypes produced by gene regulatory networks.” International Symposium on Complex Systems Biology (2009-10) The University of Tokyo, Japan
岩嵜航・津田真樹・河田雅圭「隠れた遺伝的変異と可塑性から進化する新規表現型」日本生態学会第56回大会 (2009-03) 岩手県立大学
岩嵜航・津田真樹・河田雅圭「遺伝子制御ネットワークの進化による新規形質獲得機構」日本進化学会第10回年会 (2008-08) 東京大学

Grants and Fellowships

2019-04 – 2022-03: 科学研究費補助金基盤研究C 分担 (代表者: 新井田厚司)
超並列がん進化シミュレーションによる腫瘍内不均一性生成機構の解明
2010-07 – 2013-03: JSPS Research Fellow (DC1)

Awards

環境機関コンソーシアムポスター賞(サラヤ賞) (2012-03)
日本生態学会第58回大会ポスター優秀賞 (2011-03)
日本生態学会第58回大会エコカップほのぼのMVP (2011-03)
環境機関コンソーシアムアカデミア部門ポスター賞(トロン賞) (2010-03)
東北大学生命科学研究科生命科学会長賞 (2010-02)

Teaching / Outreach

「Rによるデータ前処理実習」東京医科歯科大データサイエンス人材育成プログラム (2024-09)
「統計モデリング概論 DSHC 2024」東京海上 Data Science Hill Climb (2024-08)
「統計モデリング入門」岩手大学連合農学研究科 (2024-07)
「Rを用いたデータ解析の基礎」東北大学進化学実習 (2024-04)
“Ecology and evolution in tumors” Tohoku University (2023-12)
“Hands-on Introduction to R” Tohoku University (2023-11)
「統計モデリング概論 DSHC 2023」東京海上 Data Science Hill Climb (2023-08)
「統計モデリング入門」岩手大学連合農学研究科 (2023-06)
「Rを用いたデータ解析の基礎」東北大学進化学実習 (2023-04)
「統計モデリング入門東京医科歯科大データサイエンス人材育成プログラム (2023-03)
「逆順で理解する R Markdown Presentation」 Tokyo.R #102 (2022-10)
「Rによるデータ前処理実習」東京医科歯科大データサイエンス人材育成プログラム (2022-09)
「統計モデリング概論 DSHC 2022」東京海上 Data Science Hill Climb (2022-08)
「Rを用いたデータ解析の基礎」東北大学進化学実習 (2022-04)
「インタビューでGO!!」水の森市民センター企画講座 (2021-11) 北仙台小学校、北仙台中学校
「Rによるデータ前処理実習」東京医科歯科大データ関連人材育成プログラム (2021-10)
「確率分布を理解する統計モデリング入門」東京大学マルチNGSオミクス解析研究会 (2021-09)
「Rにやらせて楽しよう — データの可視化と下ごしらえ」北海道大学生命科学院特別講義 (2021-09)
「統計モデリング概論 DSHC 2021」東京海上 Data Science Hill Climb (2021-06)
「Rによるデータ前処理実習」東京医科歯科大データ関連人材育成プログラム (2020-10)
「インタビューでGO!! — 子どもたちの育ちを支えよう」水の森市民センター企画講座 (2020-08) 北仙台小学校
「Hands-on Introduction to R 2020」東北大ほか (2020-05)
「Rによるデータ前処理実習」東京医科歯科大データ関連人材育成プログラム (2019-12)
「Rでデータを可視化する」 Sendai.R #2 (2019-09) Sendai
“Using external C++ libraries in Rcpp packages” Japan.R 2018 (2018-12) Tokyo
“Writing an R package interface to C++ libraries with Rcpp” Tokyo.R #71 (2018-07) Tokyo
「Rにやらせて楽しよう — データの可視化と下ごしらえ」アドバンス生命理学特論 (告知ポスター) (2018-05) 名古屋大
「それもRにやらせよう — 整然データの下ごしらえ」(自由集会「データ解析で出会う統計的問題: R の新しい作図・作表」粕谷英一・久保拓弥) 日本生態学会第65回大会 (2018-03) 札幌
「架空生物オリガミバードを作って進化が起こるしくみを体験しよう」(山野井貴浩、岩嵜航) サイエンスデイ (2012-07) 東北大学
「進化の仕組みを学べる補助教材: 架空生物オリガミバード [シミュレータ実演]」(山野井貴浩、岩嵜航、武村政春、佐倉統) 東北大学生態適応GCOE環境機関コンソーシアム (2012-03) 仙台国際センター
Teaching Assistant in Kawata Laboratory, Tohoku University (2009–2013). Statistical analysis and data visualization.
Teaching Assistant in 自然科学総合実験, 東北大学 (2008).
新入生交流会サポーター in 生命科学研究科, 東北大学 (2010–2013).

Software Development

tumopp: Tumor growth simulator in C++/R. PLOS ONE 12(9): e0184229
tekkamaki: Individual-based simulator of pacific bluefin tuna
tek2: Population Genetic Simulation Framework of Transposable Elements Genetics 195(3):957–967
mkrange: Simulator used in Bridle et al. Evol. Appl. 2019;00:1–14
igraphlite: Lightweight R Interface to igraph Network Analysis Library
pomber: Interactive visualization of population genomic analysis of fission yeast. (新学術領域研究「ゲノムを支える非コードDNA領域の機能」)
driftr.js: Genetic Drift Simulator
oribir: Origami Bird Simulator. Evolution: Education and Outreach 8:14
msutils: Utilities for coalescent simulation with ms
pcglite: Lightweight subset of PCG for C++
sfmt-class: SFMT wrapper class for C++
Hugo theme for non-blog websites
Hugo theme for reveal.js slides

Academic Societies

日本進化学会 / Society of Evolutionary Studies, Japan
日本生態学会 (退会中) / Ecological Society of Japan
日本遺伝学会 (退会中) / The Genetics Society of Japan
個体群生態学会 (退会中) / The Society of Population Ecology

Peer Review

Genes & Genetic Systems, Journal of Molecular Evolution, Journal of Theoretical Biology, Mathematical Biosciences, Molecular Biology and Evolution, PLOS ONE, Scientific Reports