Heavy Watal

遺伝研スパコン

https://sc.ddbj.nig.ac.jp/

利用開始

https://sc.ddbj.nig.ac.jp/index.php/ja-howtouse

  1. 新規ユーザ登録申請
  2. 責任者にメールが届くので、それに従って誓約書PDFを管理者に送信
  3. アカウント登録証が手元に届く
  4. https://sc.ddbj.nig.ac.jp/ でログイン
  5. SSH公開鍵登録 (パスワード認証ではSSHできない)

  6. ~/.ssh/config に設定を追加:

    Host *.ddbj.nig.ac.jp
  User heavywatal
  RequestTTY yes

    sshコマンドでユーザ名と -t オプションを省略できるようになる。

  7. システム内ノード間通信のパスワード認証を省くためにSSH鍵ペアを設定する。

  8. ゲートウェイノードにSSH接続してログインノードに qlogin:

    % ssh gw2.ddbj.nig.ac.jp qlogin

Phase 1 と Phase 2 という異なるシステムが存在しているが、 基本的にはPhase 2システムを使えば良さそう。 共有されるのはユーザ情報のみで、ホームのファイルシステムも別。 Phase 1システムにデータをコピーするには、 Phase 2ゲートウェイから qlogin -l trans でデータ移行用ノードにログインし、 /home_ph1/ 以下に見える自分のホームに rsync する。

環境整備

Linuxbrew

コマンドラインのプログラムをインストールするにはLinuxbrewが便利。 ただしOS標準のコンパイラやライブラリが古すぎるので、 最初のセットアップにひと手間必要。 特に最近はcurlがSSL認証でコケるのでお手上げ。。。 cf. /dev/開発環境

emacsは User *** has no home directory という謎のエラーを吐く。

ログインシェルをzshに変更(しないで対処)

https://sc.ddbj.nig.ac.jp/index.php/ja-tips

LDAPで管理されているので chsh は効かない:

% ldapmodify -x -D uid=heavywatal,ou=people,dc=nig,dc=ac,dc=jp -W
Enter LDAP Password: ********
dn: uid=heavywatal,ou=people,dc=nig,dc=ac,dc=jp
changetype:modify
replace:loginShell
loginShell:/bin/zsh
# ctrl-d

反映されるまで少し時間がかかるっぽい。

/etc/profile.d/* の読み込みのタイミングのせいか、 zshにすると ssh -t gw.nig qlogin で command not found になってしまう。 しかも /bin/zsh が結構古くて微妙。

~/.bashrc にエイリアスを定義して対処したほうが良さそう:

PATH=${HOME}/.homebrew/bin:${PATH}
alias zmux='SHELL=$(brew --prefix)/bin/zsh tmux'

ちなみにtmuxセッションの寿命はどうなってるんだろう…

最新版Rをインストール

環境が古すぎて手こずった。 依存関係について、何が必要十分なのかまでは検証していないが、 いくつかのライブラリは新しいものをLinuxbrewで入れておく必要がある。 e.g., gcc, binutils, bzip2

wget -O- https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.3.0.tar.gz | tar xz
cd R-3.3.0/
./configure -h | less
./configure LIBS="-lpthread" --prefix=${HOME}/R --disable-openmp --disable-java
make
make install

ジョブ投入、管理

qsub

遺伝研ウェブサイトにはスクリプトを書いてから渡す方法しか書いてないが、 コマンド引数として直接渡すほうが圧倒的に楽チン。

## スクリプトを書いてから渡す
qsub test.sh

## コマンドライン引数として直接渡す
qsub -l debug -b y -shell n -cwd -N test "pwd; sleep 5; ls >ls.txt"
-l ***
管理者が定義したキューから選んで指定し、 実行時間や計算ノードなどの要求を伝える。 例えば、24時間以内に終わるものなら -l short や -l debug、 2か月かかるものなら -l month を指定。 qstat -g c でキューの一覧とそれぞれの負荷を確認できる。
1スレッドあたりのRAM上限(デフォルト4GB)もこのオプションから -l s_vmem=8G -l mem_req=8G のように変更する。
-cwd
カレントディレクトリでジョブ実行。 デフォルトでは ${HOME}。
-N ***
ジョブに名前をつける。 デフォルトではスクリプト名。
-o ***, -e ***
標準出力・標準エラー出力の書き出し先。 デフォルトではワーキングディレクトリ以下に {JOBNAME}.o{JOBID}, {JOBNAME}.e{JOBID} という名前で書き出される(空っぽでさえ)。 不要な出力は /dev/null に流し込むべし。
-b y
計算ノードにバイナリがあるものとしてジョブを投げる。 これを指定しない場合はスクリプト扱いになり、 投入ノードから計算ノードへのコピーなど余計なプロセスが挟まるらしい。
-shell n
環境変数の解決など、 プログラムの呼び出しにシェルを介す必要がない場合は これを指定することで多少コスト削減できる。 当然 -b y のときのみ有効。
-S /bin/sh
インタープリタを指定。 指定しないと csh が利用されるせいか、 標準出力で Warning: no access to tty と怒られる。
-t 1-M
M個のタスクを持つアレイジョブとして投入する。 タスクごとにパラメータを変えてプログラムを走らせたい場合は、 スクリプトの中で環境変数 SGE_TASK_ID を拾ってどうにかする。 qsub コマンドを生成して何回も呼ぶほうが圧倒的に楽だけど、 アレイジョブのほうがクラスタ側の負荷が小さいらしい。ほんとかな。
-tc MAX_RUNNING_TASKS
アレイジョブで同時実行するタスク数の上限を指定。 システムからユーザーに与えられた上限は qquota コマンドで確認できる。 いまのところ500らしい。
-v VARIABLE=value
環境変数を定義してジョブに引き継ぐ
-pe def_slot N
parallel environment: 並列処理で使用するスレッド数を指定。 -l mem_req=*G の値は1スレッドあたりなので注意。

qsub スクリプト

#$ で始まる行は qsub へのオプションと見なされる。

ジョブスクリプト内で参照可能な特殊環境変数をプリントしてみるジョブの例:

#!/bin/sh
#$ -S /bin/sh
#$ -l debug
#$ -cwd
#$ -t 1-2
#$ -N test_sh
echo HOME: $HOME
echo USER: $USER
echo JOB_ID: $JOB_ID
echo JOB_NAME: $JOB_NAME
echo HOSTNAME: $HOSTNAME
echo SGE_TASK_ID: $SGE_TASK_ID
echo SGE_TASK_FIRST:$SGE_TASK_FIRST
echo SGE_TASK_LAST: $SGE_TASK_LAST
echo SGE_TASK_STEPSIZE: $SGE_TASK_STEPSIZE
pwd
ls

スクリプトはPythonでもいい。 インタープリタを -S /usr/bin/env python で指定できないのは残念。

#!/usr/bin/env python
#$ -S $HOME/.pyenv/shims/python
#$ -l debug
#$ -cwd
#$ -t 1-2
#$ -N test_py
import os
print("SGE_TASK_ID: " + os.environ["SGE_TASK_ID"])

補助コマンド

qstat
現在実行中のジョブ一覧。 ステータスは1文字に省略されて E(rror), r(unning), R(estarted), s(uspended) のように表示される。 詳しくは man qstat を参照。
qstat -g c
クラスタで定義されているキューの一覧と、それぞれの負荷を表示
qstat -f | less
全ノードの状況をfullに表示
qstat -u '*' | less
全ユーザのジョブを表示。 -s p でpending中のみに絞ったり、 -l medium でキューの種類を絞ったりできる。
qstat -j JOBID
ジョブの詳細表示
qacct -j JOBID
ジョブ実行後にリソース消費を確認
qdel JOBID
ジョブ削除
qquota
ユーザーに与えられたリソースを表示