SHIROKANE — HGCスパコン

https://supcom.hgc.jp/

環境整備

• ハードウェア
• ソフトウェア
  • RHEL 7.6
  • /usr/bin/cmake 2.8.12
  • /usr/bin/cmake3 3.13.4
  • /usr/bin/gcc 4.8.5
  • /usr/bin/python 2.7.15
  • /usr/bin/python3 3.4.9
  • /usr/local/package/boost/1.67.0/
  • /usr/local/package/gcc/7.3.0/
  • /usr/local/package/python/3.6.5/
  • /usr/local/package/r/3.5.0/

tumopp

on R

https://heavywatal.github.io/rtumopp/

Shirokane5 で提供されている R-3.5 は /usr/local/package/gcc/7.3.0でビルドされているため C++14のライブラリも問題なく使える。

1. 普通に cmake とするとバージョン2.8.12のほうが参照されてしまうので、 優先的にパスの通ってるところに ln -s /usr/bin/cmake3 ~/local/bin/cmake などとしてバージョン3.8以上が使えるようにする。

2. Rを起動し、パッケージをインストール:

   install.packages("devtools")
   devtools::install_github("heavywatal/rtumopp")
   

   最新版にアップデートするのもこのコマンド。

3. パッケージを読み込んで実行:

   library(tumopp)
   result = tumopp("-D3 -Chex -N256")
   

command-line

https://heavywatal.github.io/tumopp/

Shirokane5 (RHEL 7) では問題なくHomebrewを使える。

brew install heavywatal/tap/tumopp
exec $SHELL -l
tumopp -D3 -Chex -N256
tumopp -h