Heavy Watal

SHIROKANE — HGCスパコン

https://supcom.hgc.jp/

環境整備

tumopp

on R

http://heavywatal.github.io/rtumopp/

Shrokane5 で提供されている R-3.5 は /usr/local/package/gcc/7.3.0でビルドされているため C++14のライブラリも問題なく使える。

  1. 普通に cmake とするとバージョン2.8.12のほうが参照されてしまうので、 優先的にパスの通ってるところに ln -s /usr/bin/cmake3 ~/local/bin/cmake などとしてバージョン3.8以上が使えるようにする。

  2. Rを起動し、パッケージをインストール:

    install.packages("devtools")
    devtools::install_github("heavywatal/rtumopp")

    最新版にアップデートするのもこのコマンド。

  3. パッケージを読み込んで実行:

    library(tumopp)
    result = tumopp("-D3 -Chex -N256")

command-line

http://heavywatal.github.io/tumopp/

Shrokane5 (RHEL 7) では問題なくHomebrewを使える。

brew install heavywatal/tap/tumopp
exec $SHELL -l
tumopp -D3 -Chex -N256
tumopp -h