rgl — 3Dグラフ描画

長らく2種類の書き方が混在していたが、バージョン 1.0 からrgl.*() 関数の使用が非推奨となり一本化された。ドキュメントも一新されて使いやすくなってきた。

プロット

Primitive shapes

https://dmurdoch.github.io/rgl/reference/primitives.html

rgl::points3d(x, y = NULL, z = NULL, ...): 散布図。
rgl::lines3d(x, y = NULL, z = NULL, ...): 折れ線
rgl::segments3d(x, y = NULL, z = NULL, ...): 線分
rgl::triangles3d(x, y = NULL, z = NULL, ...): 3点を結ぶ面
rgl::quads3d(x, y = NULL, z = NULL, ...): 4点を結ぶ三角形2つ

Other shapes

rgl::spheres3d(x, y = NULL, z = NULL, radius = 1, fastTransparency = TRUE, ...): 球体。
rgl::surface3d(x, y = NULL, z = NULL, ..., normal_x = NULL, normal_y = NULL, normal_z = NULL, texture_s = NULL, texture_t = NULL, flip = FALSE): 地形図のような局面
rgl::plot3d(x, ...): type =引数で上記の様々な形を描ける高次関数。ホントはあんまり使いたくないけど、 xlim, ylim, zlim オプションを受け付ける関数がこれしかないようなので、境界を指定しつつ球体を描きたい場合は spheres3d() ではなく plot3d(type = "s") を使うしかないっぽい。

背景や軸などの調整

rgl::title3d(main, sub, xlab, ylab, zlab, line, level, floating, ...): これを使うとmainとsubも視点によって動いてしまう。 bgplot3d({plot.new(); title("main")}) なら固定背景に書ける。

rgl::mtext3d(text, edge, at = NULL, line = 0, level = 0, floating = FALSE, pos = NA, ...)

rgl::bg3d(color, sphere = FALSE, back = "lines", fogtype = "none", fogScale = 1, col, ...)

rgl::light3d(theta = 0, phi = 15, x = NULL, y = NULL, z = NULL, viewpoint.rel = TRUE, ambient = "#FFFFFF", diffuse = "#FFFFFF", specular = "#FFFFFF")

rgl::par3d(..., no.readonly = FALSE, dev = cur3d(), subscene = currentSubscene3d(dev))

rgl::material3d(..., id = NULL): プロットに渡せるオプション(colorなど)はここで確認

軸

rgl::axis3d(edge, at = NULL, labels = TRUE, tick = TRUE, line = 0, pos = NULL, nticks = 5, ...): xyz と +- の組み合わせで軸1本を指定して描く。 x は　x-- と等価。
rgl::box3d(...): 12辺の箱を描く。
rgl::bbox3d(xat = NULL, yat = NULL, zat = NULL, xunit = "pretty", yunit = "pretty", zunit = "pretty", expand = 1.03, draw_front = FALSE, xlab = NULL, ylab = NULL, zlab = NULL, xlen = 5, ylen = 5, zlen = 5, marklen = 15, marklen.rel = TRUE, ...): 手前の辺が自動で消えるような箱を描く。
rgl::axes3d(edges = "bbox", labels = TRUE, tick = TRUE, nticks = 5, box = FALSE, expand = 1.03, ...): 上記の3つをまとめる関数。分かりにくいので使わないほうがいい。 edges = "bbox" の場合 tick = FALSE は効かないので xlen = 0, ylen = 0, zlen = 0 とする必要がある。
rgl::view3d(theta = 0, phi = 15, fov = 60, zoom = 1, scale = par3d("scale"), interactive = TRUE, userMatrix): theta: 0のとき正面がxy平面。観察者が地球の公転と同じ方向に動くのが正。
phi [-90, 90]: 0のとき視点が水平面(xz平面)上。観察者が上に動くのが正。
fov [0, 179]: 0のとき無限遠から見たような平行投影。

複数の図をまとめる

# レイアウトを指定
mfrow3d(nr, nc, byrow = TRUE, parent = NA, sharedMouse = FALSE, ...)
layout3d(mat, widths, heights, parent = NA, sharedMouse = FALSE, ...)

# 次のsubsceneに移動
next3d(current = NA, clear = TRUE, reuse = TRUE)

これらはなぜかグローバルスコープでしか動作しない。つまり、関数やループ内に入れるとサイズなどがうまく反映されない。

出力

デバイスの起動と終了

rgl::open3d(..., params = get3dDefaults(), useNULL = rgl.useNULL(), silent = FALSE): 明示的に新しいデバイスを開く。何も無い状態でplot3d()などが呼ばれたら勝手に開かれる。サイズ指定はwindowRect = c(0, 0, 600, 600)のような引数で。
rgl::close3d(dev = cur3d(), silent = TRUE): デバイスを閉じる。

rgl::clear3d(type = c("shapes", "bboxdeco", "material"), defaults = getr3dDefaults(), subscene = 0)

Display

https://dmurdoch.github.io/rgl/dev/articles/rgl.html#default-display

デフォルトでは独立のウィンドウ(XQuartz, X11など)が立ち上がる。

options(rgl.useNULL = TRUE): 独立ウィンドウが開くのを抑制。
rglwidget(): WebGLに変換してRStudio, VSCode, ウェブブラウザなど出力。
options(rgl.printRglwidget = TRUE): 自動的に rglwidget() を呼ぶ。使わないほうが無難。

ファイルに書き出す

rgl::scene3d(minimal = TRUE): rglネイティブな形での全構成要素リスト。
rgl::snapshot3d(filename, fmt = "png", top = TRUE, ..., scene, width, height, webshot): PNGのみ。 top = FALSEにしてはダメ。謎。
rbl.postscript(filename, fmt = "eps", drawText = TRUE): ps, eps, tex, pdf, svg をサポート。透過や bgplot3d は反映されないらしいので注意。
rgl::writeWebGL(): deprecatedだから代わりに rglwidget() を使えとのことだがそちらにファイル書き出し機能は無い。

rmarkdown/knitrでHTMLに埋め込む

パッケージを読み込み、hookを設定しておく(rgl::setupKnitr() を使う手もある):

```{r library}
options(rgl.useNULL = TRUE)
library(rgl)
knitr::knit_hooks$set(webgl = rgl::hook_webgl)
knitr::knit_hooks$set(rgl = rgl::hook_rgl)
```

WebGLを出力したい場合は webgl = TRUE、 PNG静止画を出力したい場合は rgl = TRUE:

```{r plot, webgl = TRUE}
rgl::box3d()
rgl::title3d("main", "sub", "x", "y", "z")
```

rgl::rglwidget() を明示的に呼ぶならhookは不要。複数描画したいときは htmltools::tagList() に詰める手もある:

```{r widget}
purrr::map(seq_len(3), ~{
  rgl::box3d()
  rgl::rglwidget(width = 200, height = 200)
}) |> htmltools::tagList()
```

WebGLへの変換は出力先がHTMLであることを条件にしているらしく、 rmarkdown::render() なら上記コードで問題ないが knitr::knit() はダメ。強制的に変換する手段はあるのかな…?

アニメーション

rgl::spin3d(axis = c(0, 0, 1), rpm = 5, dev = cur3d(), subscene)

rgl::par3dinterp(times = NULL, userMatrix, scale, zoom, FOV, method, extrapolate)

rgl::play3d(f, duration = Inf, dev = cur3d(), ..., startTime = 0)

rgl::movie3d(f, duration, dev = cur3d(), ..., fps = 10, movie = "movie", frames = movie, dir = tempdir(), covert, clean, verbose, top, type, startTime, webshot)

rgl::view3d(-25, 15, 40)
rgl.bringtotop()
.anime = rgl::spin3d(axis = c(0, 1, 0), rpm = 15)
rgl::play3d(.anime)
rgl::movie3d(.anime, duration = 4, fps = 16, movie = "basename", dir = "~/tmp")

Heavy Watal