Homebrew

mac
package

Unixツールをパッケージとして手軽にインストールできるMac用パッケージ管理ソフト。

Installation

http://docs.brew.sh/Installation.html

Command Line Tools をインストールする。 cf. /dev/devenv
ターミナルから下記のコマンドを実行し、指示に従ってパスワードを入力する:
```
/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
```
デフォルトの /usr/local/ にインストールするのが嫌なら、例えばホーム以下の ~/.homebrew/ にインストールすることもできる:
```
% cd
% mkdir .homebrew
% curl -L https://github.com/Homebrew/brew/tarball/master | tar xz --strip 1 -C .homebrew
```
が、/usr/local/ 以外にインストールすると、 bottle機能を封じられて毎回自前ビルドする仕様になってしまったので、非力なラップトップとかでは結構厳しい。

.zshenv (もしくは.zshrc) でパスを通す:

PATH=${HOME}/.homebrew/bin:/usr/local/bin:${PATH}
brew_prefix=$(brew --prefix 2>/dev/null)
if [ -n "${brew_prefix}" ]; then
    MANPATH=${brew_prefix}/share/man:${MANPATH}
    fpath=(${brew_prefix}/share/zsh-completions ${fpath})
fi
unset brew_prefix

Usage

http://docs.brew.sh/FAQ.html

Homebrew本体とカタログをアップデートし、アップグレード可能なパッケージを表示:
```
% brew update && brew outdated
```
outdated なものを全てアップグレード:
```
% brew upgrade
```
パッケージのバージョンを固定し、brew upgrade --all の適用外にする。頻繁に更新され、やたらCPUを使うやつらに。
```
% brew pin imagemagick
```
パッケージ検索:
```
% brew search text
```
パッケージ情報の表示:
```
% brew info formula
```
パッケージのインストール・アンインストール:
```
% brew install formula
% brew uninstall formula
```
インストール済みパッケージ、またはパッケージ内ファイルの一覧:
```
% brew list [formula]
```

brew install

公式リポジトリから明示的にインストールしたものメモ:

aspell
autoconf
automake
binutils
boost
cmake
colordiff
coreutils
diffutils
doxygen
eigen
emacs
findutils
gcc
gibo
git
gnu-sed
gnu-tar
go
grep --with-default-names
imagemagick
make --with-default-names
mercurial
nano
nkf
pandoc
pyenv
rmtrash
rsync
tmux
tree
wget
xz
zsh
zsh-completions

コンパイル済みパッケージ(bottle)が提供されてる場合はダウンロードだけで済むが、オプションを付けるとソースからビルドする羽目になるので注意。 gccやboostなどのデカいやつはとりあえずデフォルトで入れたほうが早い。

--force-bottle と --build-from-source で明示的に切り替えられる。しかしいつの間にか、Homebrewが/usr/local/ 以外にインストールしてあるとbottleを使えない仕様になってしまった。

coreutils, gnu-sed, gnu-tar などは既存のコマンドとごっちゃにならないよう頭に g を付けてインストールしてくれる。元の名前でアクセスする方法はいくつかあるが、 $(brew --prefix)/opt/{coreutils,gnu-sed,gnu-tar}/libexec/gnubin に PATH を通すのがよい。 brew unlink coreutils gnu-sed gnu-tar してもそれらのディレクトリは残る。

brew tap

非公式フォーミュラを公開しているリポジトリを追加する:

% brew tap homebrew/science
% brew install samtools

brew tap せずに直接インストールも可能:

% brew install homebrew/science/samtools

brew tap homebrew/science - https://github.com/Homebrew/homebrew-science
バイオインフォマティクスなど科学計算のツール群。例えば
```
bcftools
blast
bowtie2
bwa
cd-hit
clustal-w
cufflinks
emboss
fastqc
fwdpp
igv
igvtools
libsequence
mafft
paml
phylip
repeatmasker
samtools
snpeff
tophat
varscan
```
Rをここからインストールするとバイナリ版のパッケージが利用できず、毎回ソースからビルドすることになるので、普通に公式ページからpkgから入れたほうがよさそう。

Cask

http://caskroom.io/

GUIアプリケーションもHomebrewで管理してしまおうという野心的な拡張機能。

インストールは1行:

% brew tap caskroom/cask

使うときは普通の brew コマンドに cask を挟むだけ:

% brew cask install libreoffice
% brew cask list

アプリ側でアップデートを実行するとCask内でのバージョンと食い違っちゃうけど使用上は問題ないらしい。

alfred, amazon-drive, amazon-music, atom, basictex, betterzipql, bibdesk, boostnote, caffeine, cmd-eikana dia, dropbox, firefox, gephi, gitter, google-chrome, google-backup-and-sync, google-earth, google-japanese-ime, inkscape, iterm2, kindle, libreoffice, megasync, openoffice, qlstephen, quicklook-csv, r-app, rstudio, skim, skyfonts, skype, slack, spideroakone, sshfs, the-unarchiver, virtualbox, vlc, whatsapp, xquartz, yujitach-menumeters