Heavy Watal

複雑ネットワーク

用語

Node / Vertex
ノード、頂点。 GRNでは遺伝子。
Edge / Link
エッジ、枝。ノードとノードを結ぶ線。 方向性を持つ場合と持たない場合がある。 GRNでは転写促進・抑制の制御関係なので有向。

ネットワークの特徴量

Order
ネットワーク中のノードの数
Size
ネットワーク中のエッジの数
Degree
次数。ひとつのノードがもつエッジの数
Average Degree
平均次数。 次数をネットワーク中のノードで平均したもの。
Density / Connectance
密度あるいは結合度。 ネットワーク中に存在しているエッジの数を、最大可能エッジ数で割ったもの。 最大可能エッジ数は、ノード数と自己制御の有無によって決まる。
自己制御あり有向グラフの最大可能エッジ数: $V ^ 2$
自己制御なし有向グラフの最大可能エッジ数: $V (V - 1)$
自己制御なし無向グラフの最大可能エッジ数: $V (V - 1) / 2$
Clustering Coefficient
クラスター係数。 あるノードから見て、隣接する2つのノード同士もエッジで繋がっていると三角形ができる。 この三角形が多いほどクラスター係数が大きくなる。 ネットワーク中のノードについて平均したのが平均クラスタ係数。
The number of selfloops
自己制御数。 有向グラフにおいて、両端が同じノードに接続しているエッジの数。
Degree assortativity
次数相関。 隣接する2つのノードの次数が似ているほど高くなる。 次数の高いハブ的なノードが同じようにハブ的なノードと接続しがちな場合、assortative。 逆に、ハブに対して次数の低いノードが接続しがちな場合、disassortative。