用語
- Node / Vertex
- ノード、頂点。
GRNでは遺伝子。
- Edge / Link
- エッジ、枝。ノードとノードを結ぶ線。
方向性を持つ場合と持たない場合がある。
GRNでは転写促進・抑制の制御関係なので有向。
ネットワークの特徴量
- Order
- ネットワーク中のノードの数
- Size
- ネットワーク中のエッジの数
- Degree
- 次数。ひとつのノードがもつエッジの数
- Average Degree
- 平均次数。
次数をネットワーク中のノードで平均したもの。
- Density / Connectance
- 密度あるいは結合度。
ネットワーク中に存在しているエッジの数を、最大可能エッジ数で割ったもの。
最大可能エッジ数は、ノード数と自己制御の有無によって決まる。
- 自己制御あり有向グラフの最大可能エッジ数: $V ^ 2$
- 自己制御なし有向グラフの最大可能エッジ数: $V (V - 1)$
- 自己制御なし無向グラフの最大可能エッジ数: $V (V - 1) / 2$
- Clustering Coefficient
- クラスター係数。
あるノードから見て、隣接する2つのノード同士もエッジで繋がっていると三角形ができる。
この三角形が多いほどクラスター係数が大きくなる。
ネットワーク中のノードについて平均したのが平均クラスタ係数。
- The number of selfloops
- 自己制御数。
有向グラフにおいて、両端が同じノードに接続しているエッジの数。
- Degree assortativity
- 次数相関。
隣接する2つのノードの次数が似ているほど高くなる。
次数の高いハブ的なノードが同じようにハブ的なノードと接続しがちな場合、assortative。
逆に、ハブに対して次数の低いノードが接続しがちな場合、disassortative。
Heavy Watal