Heavy Watal

複雑ネットワーク

用語

Node / Vertex
ノード、頂点。 GRNでは遺伝子。
Edge / Link
エッジ、枝。ノードとノードを結ぶ線。 方向性を持つ場合と持たない場合がある。 GRNでは転写促進・抑制の制御関係なので有向。

ネットワークの特徴量

Order
ネットワーク中のノードの数
Size
ネットワーク中のエッジの数
Degree
次数。ひとつのノードがもつエッジの数
Average Degree
平均次数。 次数をネットワーク中のノードで平均したもの。
Density / Connectance
密度あるいは結合度。 ネットワーク中に存在しているエッジの数を、最大可能エッジ数で割ったもの。 最大可能エッジ数は、ノード数と自己制御の有無によって決まる。
自己制御あり有向グラフの最大可能エッジ数: $V ^ 2$
自己制御なし有向グラフの最大可能エッジ数: $V (V - 1)$
自己制御なし無向グラフの最大可能エッジ数: $V (V - 1) / 2$
Clustering Coefficient
クラスター係数。 あるノードから見て、隣接する2つのノード同士もエッジで繋がっていると三角形ができる。 この三角形が多いほどクラスター係数が大きくなる。 ネットワーク中のノードについて平均したのが平均クラスタ係数。
The number of selfloops
自己制御数。 有向グラフにおいて、両端が同じノードに接続しているエッジの数。
Degree assortativity
次数相関。 隣接する2つのノードの次数が似ているほど高くなる。 次数の高いハブ的なノードが同じようにハブ的なノードと接続しがちな場合、assortative。 逆に、ハブに対して次数の低いノードが接続しがちな場合、disassortative。

複雑ネットワーク―基礎から応用まで Dynamical Processes on Complex Networks Analysis of Biological Networks (Wiley Series in Bioinformatics)