Heavy Watal

R環境設定

https://cran.r-project.org/manuals.html

インストール

Macなら Homebrew で brew install r-app rstudio のように入れるのが楽チン。 Caskじゃない brew install r のほうだとバイナリ版パッケージが使えなくて毎回ソースからビルドさせられるので大変。

https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html

What’s New?

https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/NEWS.html

起動オプション

ワークスペースの自動保存や自動復帰は危険なので切っておく。 R.app や RStudio から使う場合はメニューから環境設定みたいなやつを開いて設定。 シェルから使う場合は例えば以下のようなエイリアスを設定する。

alias r='R --quiet --no-save --no-restore-data'

詳しくは R --help または https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.html#Invoking-R

パッケージのサーチパス

https://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/base/html/libPaths.html

.libPaths() でパッケージのインストール先候補一覧を取得できる。 install.packages(pkgs, lib, ...) の lib = オプションを指定しない場合にこれらが参照される。 また library() によるパッケージ読み込みもこれらのパスから。

.libPaths("newpath") のように任意のパスを追加することもできるが、 後述の .Renviron ファイルなどで環境変数 (R_LIBS, R_LIBS_USER, R_LIBS_SITE) を設定しておく方法がよさそう。 ファイルから設定が正しく読み込まれても、 当該ディレクトリが存在しないと認識されず自動生成もされないことに注意。

ここで設定するパスには %v といった記号でRのバージョン情報などを含めることも可能。 古いRでインストールしたパッケージを新しいRで使おうとすると package ‘***’ was installed before R x.y.0: please re-install it などと怒られるので、バージョン番号を入れておいたほうがいい。 path.expand() も適用されるので ~/.R/library のようなチルダも展開される。

環境変数には優先順位があるので例えば次のように使い分けられる:

Rと一緒についてくる標準パッケージのインストール先は .Library で参照可能。 何も設定しないで使うとほかのパッケージもそこに入ってしまう場合があってあんまりよろしくない。

環境変数

https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#Environment-variable-index

https://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/base/html/EnvVar.html

Sys.getenv()

.Renviron

https://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/base/html/Startup.html

R起動時に読み込まれ、環境変数を設定するファイル。 Rスクリプトではなく、シェルスクリプトっぽい代入式で書く。 例 (https://github.com/heavywatal/dotfiles/blob/master/.R/.Renviron):

R_USER=${HOME}/.R
R_LIBS_USER=${R_USER}/library/%v
R_ENVIRON_USER=${R_USER}/.Renviron
R_PROFILE_USER=${R_USER}/.Rprofile
R_HISTFILE=${R_USER}/.Rhistory
R_HISTSIZE=65535
LANG=C
LC_CTYPE=en_US.UTF-8

探される・読み込まれる順序はだいたい以下のとおり:

  1. $R_ENVIRON
  2. $R_HOME/etc/Renviron.site
  3. $R_ENVIRON_USER
  4. ./.Renviron
  5. ~/.Renviron

読み込ませたくないときは --no-environ オプション。

.Rprofile

https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.html#Customizing-the-environment

R起動時に読み込まれるファイル。 中身はRスクリプトなので、パッケージの読み込みや関数の定義など、Rでできることは何でもできるはず。 例: https://github.com/heavywatal/dotfiles/blob/master/.R/.Rprofile

.First() と .Last() はそれぞれ起動時と終了時に実行される関数。 これらが原因で R CMD やパッケージ関連の操作が失敗することもあるので、 普通の対話環境でのみ有効になるよう if (interactive()) などとしておいたほうが安心。

読み込まれる順序はだいたい以下のとおり。 .Renviron のほうが先に読み込まれるので、 上記のように R_PROFILE_USER を定義しておいて、そこに置いとけば読み込まれる。

  1. $R_PROFILE
  2. $R_HOME/etc/Rprofile.site
  3. $R_PROFILE_USER
  4. ./.Rprofile
  5. ~/.Rprofile

読み込ませたくないときは --no-init-file オプション。

options()

https://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/base/html/options.html

?options で項目の一覧を見られる。

ほかの人とスクリプトをやり取りする場合など、 実行結果が設定依存で変わっては困るので、 そういう本質的なものはいじらずに、 表示関連の項目だけ変えるに留めたほうがよい。

warn=1
警告レベルの設定。 デフォルト(warn=0)では、警告があっても計算は滞り無く進行し、 最後に “There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)” などと軽く表示されるだけなので、 見落としたりして後々大変なバグ取り作業に発展する恐れがある。 警告が発生するごとに警告文を表示する(warn=1)か、 エラー扱いにして計算をストップするようにしておく(warn=2)ことでそれを回避すべし。 ちなみに負数だと警告無視。
warnPartialMatchAttr, warnPartialMatchDollar
listやdata.frameなどの要素を抜き出すとき、 対象が一意に定まる範囲で変数名の省略が許されてしまう (e.g., mtcars$m)。 これは危険なので、せめて警告がでるように設定する。 tibble を使うほうがより安全。
warnPartialMatchArgs
関数の引数名の省略に関する警告。 自分のコーディングに関してはTRUEにしておきたいけど、 結構いろんなパッケージが警告を発してうるさいので仕方なくFALSE。
showWarnCalls=TRUE, showErrorCalls=TRUE
警告やエラーの出処をたどって表示する。 Pythonほどわかりやすくないが、ちょっとはマシになる。
defaultPackages
起動時(.First() 実行よりは後)に自動で読み込むパッケージを指定する。
環境変数 R_DEFAULT_PACKAGES からも変更可能。
デフォルトは datasets, utils, grDevices, graphics, stats, methods.
conflicted と tidyverse を加えて横着したいところだが、 そうすると肝心の衝突チェックが機能しなくなる。 前者だけを加えた上で次のようにフックを設定すれば自動読み込みでチェック有効: 
setHook(packageEvent("conflicted", "attach"), \(...) library(tidyverse))

ちなみに conflicted は knitr chunk 内や withr::local_package() では動かない。 “conflicted is designed specifically for use in interactive sessions” とのこと。

ライブラリの管理

https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#Add_002don-packages

開発者ツール

C, C++, Fortran で書かれたソースコードをビルドするためのツール。 普通はビルド済みのバイナリ版パッケージをインストールするだけので不要。 Stanでモデルを書くとか、パッケージの開発最新版を使いたいとか、 そういうときに必要になる。

~/.R/Makevars

パッケージをソースコードからビルドするときの設定。 不具合の元なので基本的には作らない。

https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-exts.html#Using-Makevars