Heavy Watal

dadi

https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi

Installation

https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi/wiki/Installation

  1. macOS 標準 Python 2.7 に pip と virtualenv を入れる:

    /usr/bin/python -m ensurepip -v --user
~/Library/Python/2.7/bin/pip install --user -U setuptools pip virtualenv

  2. dadi専用のvirtualenvを作って、その中に依存パッケージをインストール:

    ~/Library/Python/2.7/bin/virtualenv ~/.virtualenv/dadi
source ~/.virtualenv/dadi/bin/activate
# (dadi) virtualenv is active
pip install -U setuptools pip flake8
pip install -U numpy scipy matplotlib

  3. リポジトリのクローンを取得し、リリース版をチェックアウトしてインストール:

    # (dadi) virtualenv is active
git clone https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi.git
cd dadi/
git tag
git checkout 1.7.0
python setup.py install

  4. テスト:

    # (dadi) virtualenv is active
cd tests/
python run_tests.py
cd ..

  5. virtualenvから抜けたいときは deactivate コマンドを打つ。
    また入りたいときは source ~/.virtualenv/dadi/bin/activate を打つ。

  6. doc/ 以下に結構詳しいドキュメントが入ってるので読む (これもウェブで公開してくれたらいいのに)

入力データ

https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi/wiki/DataFormats

Tips