Heavy Watal

dadi

https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi

Installation

https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi/wiki/Installation

  1. macOS 標準 Python 2.7 に pip と virtualenv を入れる:

    % /usr/bin/python -m ensurepip -v --user
    % ~/Library/Python/2.7/bin/pip install -U setuptools pip virtualenv
    
  2. dadi専用のvirtualenvを作って、その中に依存パッケージをインストール:

    % ~/Library/Python/2.7/bin/virtualenv ~/.virtualenv/dadi
    % source ~/.virtualenv/dadi/bin/activate
    (dadi) % pip install -U setuptools pip flake8
    (dadi) % pip install -U numpy scipy matplotlib
    
  3. リポジトリのクローンを取得し、リリース版をチェックアウトしてインストール:

    (dadi) % git clone https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi.git
    (dadi) % cd dadi/
    (dadi) % git tag
    (dadi) % git checkout 1.7.0
    (dadi) % python setup.py install
    
  4. テスト:

    (dadi) % cd tests/
    (dadi) % python run_tests.py
    (dadi) % cd ..
    
  5. doc/ 以下に結構詳しいドキュメントが入ってるので読む (これもウェブで公開してくれたらいいのに)

入力データ

https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi/wiki/DataFormats

Tips