Heavy Watal

dadi

https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi

Installation

https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi/wiki/Installation

  1. Python 2.7 で dadi 用の virtualenv を作って、中に入る:

    % virtualenv ~/.virtualenv/dadi
    % source ~/.virtualenv/dadi/bin/activate
    
  2. 依存パッケージをインストール:

    % pip install -U numpy==1.9.2 scipy matplotlib
    

    numpy==1.10.0 だと ValueError: Cannot operate with a folded Spectrum and an unfolded one. というエラーが出て使えなかったのでとりあえず numpy==1.9.2 を使うべし。

  3. git でリポジトリのクローンを取得:

    % git clone git@bitbucket.org:RyanGutenkunst/dadi.git
    
  4. リリース版をチェックアウト:

    % cd dadi/
    % git tag
    % git checkout 1.7.0
    
  5. インストール:

    % python setup.py build
    % python setup.py install
    
  6. テスト:

    % cd tests/
    % python run_tests.py
    % cd ..
    
  7. doc/ 以下に結構詳しいドキュメントが入ってるので読む (これもウェブで公開してくれたらいいのに)

入力データ

https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi/wiki/DataFormats

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