dadi
https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi
Installation
https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi/wiki/Installation
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macOS 標準 Python 2.7 に pip と virtualenv を入れる:
/usr/bin/python -m ensurepip -v --user ~/Library/Python/2.7/bin/pip install --user -U setuptools pip virtualenv
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dadi専用のvirtualenvを作って、その中に依存パッケージをインストール:
~/Library/Python/2.7/bin/virtualenv ~/.virtualenv/dadi source ~/.virtualenv/dadi/bin/activate # (dadi) virtualenv is active pip install -U setuptools pip flake8 pip install -U numpy scipy matplotlib
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リポジトリのクローンを取得し、リリース版をチェックアウトしてインストール:
# (dadi) virtualenv is active git clone https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi.git cd dadi/ git tag git checkout 1.7.0 python setup.py install
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テスト:
# (dadi) virtualenv is active cd tests/ python run_tests.py cd ..
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virtualenvから抜けたいときは
deactivate
コマンドを打つ。
また入りたいときはsource ~/.virtualenv/dadi/bin/activate
を打つ。 -
doc/
以下に結構詳しいドキュメントが入ってるので読む (これもウェブで公開してくれたらいいのに)
入力データ
https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi/wiki/DataFormats
Tips
- $\theta = 4N_0\mu$ は ms と同じだが、 時間とmigration rateは $2N_0$ 単位。
- 時間とmigration rateは大きすぎると遅くなるので upper bound はそれぞれ 10, 20 を推奨
- population size は逆に小さいとき遅くなるので
lower bound
1e-3
程度を推奨