bioconductor

Bioconductor — Genomicデータ解析ツール群
biomaRt — プログラム的にデータ取得
edgeR — リードカウントから発現変動遺伝子を検出
GenomicRanges — ゲノム上の範囲やアノテーション
rtracklayer
topGO — Bioconductor でenrichment解析

Research Interests

R stats

R自学自習の基礎知識
RプログラミングTips
R環境設定
ggplot2
dplyr
tidyr
purrr
readr
stringr
knitr
parallel
devtools
Rcpp
Bioconductor
GenomicRanges
rtracklayer
biomaRt
edgeR
topGO
rgl
Stan

Python

Pythonインストール
pip
IPython
BioPython
concurrent.futures
copy
matplotlib + seaborn
NumPy, SciPy
Pandas
Pythonパッケージ作成

C++

Boost
C++コマンドライン引数
C++高速化
gcc
ビット演算
擬似乱数生成器

Biology

BLAST
dadi
Gene Ontology
MEME
Population Genetics
RepeatMasker
SAMtools
SHIROKANE
Stochastic Process
数理形態学
線形代数
複雑ネットワーク
遺伝研スパコン
配列モチーフ探索

Developer Tools

Apptainer
autoconf, automake
CMake
Docker
Emacs
Git
make
mount
rsync
ssh
tmux
TORQUE
vi
VSCode
zsh
シェルスクリプト
プロセス管理
開発環境

Mac

AppleScript
Homebrew
Keyboard
Mac固有コマンド
QuickLook
WineBottler

Lectures

Community Ecology 輪読会 11章
Git入門2018
Git入門2019
PRML輪読会 11章1節
PRML輪読会 2章前半
PRML輪読会 3章4節
Wakeley輪読会 2章2節

Miscellaneous

Fonts
Gollum
Hugo
LaTeX

(ɔ) 2008 岩嵜航 Watal M. Iwasaki