進化学実習 2022 牧野研

概要

実習環境の設定

途中まででもいいので、できるかぎり実習前に済ませてもらえると助かります。

参考: R初心者の館 by das_Kinoさん, 矢内勇生さん

  1. 手元のコンピューターの ユーザー名（ホームフォルダの名前） を確認。 半角アルファベットじゃない文字(日本語とか記号とか空白とか)が含まれている場合、不具合の原因になりがちです。 たぶん変更できない？ので新しいユーザーを作って引っ越すのがいいと思います。 半角アルファベット小文字のみで短いものを推奨。

    • ✅ Good: watal, tamakino
    • ❌ Bad: 岩嵜航, Watal Iwasaki, heavy.watal

  2. OSのソフトウェア・アップデートをすべて適用して再起動。

  3. OSの設定で、ファイル名の末尾の拡張子(.pdf とか .png とか)を常時表示する。

  4. Windowsの場合、 矢内勇生さん の情報を参照しつつOneDrive問題に対処する。

  5. https://cran.r-project.org/ から最新版の R本体(≥4.1.3) をダウンロードしてインストール。 既にインストールしてある場合はバージョンを確認。

  6. https://rstudio.com/products/rstudio/download/#download から最新版の RStudio(≥2022.02.1) をダウンロードしてインストール。 既にインストールしてある場合はバージョンを確認。

  7. Windowsの場合、念のため Rtools をインストール。次のページに従って設定:
    https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/

    Macの場合、念のため次のソフトウェアをインストール:

    • Command Line Tools: xcode-select --install (Xcode本体は不要)
    • XQuartz: 手動ダウンロード or brew install xquartz

  8. RStudioを起動し、左側のConsoleで install.packages("tidyverse", type = "binary") を実行。 何か訊かれたら yes と回答。 パッケージがたくさんインストールされます。

  9. Consoleに update.packages(type = "binary") と打ち込んで全パッケージ更新。

  10. Consoleに library(tidyverse) と打ち込んでパッケージを読み込み、 以下のようなメッセージと共に読み込まれるのを確認:

    > library(tidyverse)
── Attaching packages ───────────────────────────── tidyverse 1.3.1 ──
✔ ggplot2 3.3.5     ✔ purrr   0.3.4
✔ tibble  3.1.6     ✔ dplyr   1.0.7
✔ tidyr   1.2.0     ✔ stringr 1.4.0
✔ readr   2.1.2     ✔ forcats 0.5.1
── Conflicts ──────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
✖ dplyr::lag()    masks stats::lag()

講義資料

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