Hands-on Introduction to R 2020

岩嵜 航 (Watal M. Iwasaki)
東北大学 生命科学研究科 進化ゲノミクス分野
  1. Why do we use R?
  2. R basics
  3. Visualization with R
  4. Tidying and transforming data with R
  5. Statistical analysis with R
資料作成協力: 石川由希 (名古屋大学 理学研究科 脳回路構造学 講師)
2020-05-27

データ解析のおおまかな流れ

  1. コンピュータ環境の整備
  2. データの取得、読み込み
  3. 探索的データ解析
    • 前処理、加工 (地味。意外と重い。次回の主題)
    • 可視化、仮説生成 (派手！楽しい！今回の主題)
    • 統計解析、仮説検証 (みんな勉強したがる)
  4. 報告、発表
https://r4ds.had.co.nz/introduction.html

そもそもなぜ解析？ 生の数字見ればよくない？

生データは情報が多すぎて関係性も何も見えない

print(diamonds)

      carat       cut color clarity depth table price     x     y     z
      <dbl>     <ord> <ord>   <ord> <dbl> <dbl> <int> <dbl> <dbl> <dbl>
    1  0.23     Ideal     E     SI2  61.5    55   326  3.95  3.98  2.43
    2  0.21   Premium     E     SI1  59.8    61   326  3.89  3.84  2.31
    3  0.23      Good     E     VS1  56.9    65   327  4.05  4.07  2.31
    4  0.29   Premium     I     VS2  62.4    58   334  4.20  4.23  2.63
   --                                                                  
53937  0.72      Good     D     SI1  63.1    55  2757  5.69  5.75  3.61
53938  0.70 Very Good     D     SI1  62.8    60  2757  5.66  5.68  3.56
53939  0.86   Premium     H     SI2  61.0    58  2757  6.15  6.12  3.74
53940  0.75     Ideal     D     SI2  62.2    55  2757  5.83  5.87  3.64

ダイヤモンド53,490個について10項目の値を持つ data.frame

要約統計量(平均とか分散とか)を見てみる

まあ何となく分かった気になる…?

summary(diamonds)

     carat               cut        color        clarity          depth           table           price             x                y                z         
 Min.   :0.2000   Fair     : 1610   D: 6775   SI1    :13065   Min.   :43.00   Min.   :43.00   Min.   :  326   Min.   : 0.000   Min.   : 0.000   Min.   : 0.000  
 1st Qu.:0.4000   Good     : 4906   E: 9797   VS2    :12258   1st Qu.:61.00   1st Qu.:56.00   1st Qu.:  950   1st Qu.: 4.710   1st Qu.: 4.720   1st Qu.: 2.910  
 Median :0.7000   Very Good:12082   F: 9542   SI2    : 9194   Median :61.80   Median :57.00   Median : 2401   Median : 5.700   Median : 5.710   Median : 3.530  
 Mean   :0.7979   Premium  :13791   G:11292   VS1    : 8171   Mean   :61.75   Mean   :57.46   Mean   : 3933   Mean   : 5.731   Mean   : 5.735   Mean   : 3.539  
 3rd Qu.:1.0400   Ideal    :21551   H: 8304   VVS2   : 5066   3rd Qu.:62.50   3rd Qu.:59.00   3rd Qu.: 5324   3rd Qu.: 6.540   3rd Qu.: 6.540   3rd Qu.: 4.040  
 Max.   :5.0100                     I: 5422   VVS1   : 3655   Max.   :79.00   Max.   :95.00   Max.   :18823   Max.   :10.740   Max.   :58.900   Max.   :31.800  
                                    J: 2808   (Other): 2531

平均値ばかり見て可視化を怠ると構造を見逃す

https://www.autodeskresearch.com/publications/samestats/

データ可視化の重要性

情報の整理 → 正しい解析・新しい発見・仮説生成

plot of chunk simplify-diamonds

データ可視化の重要性

情報の整理 → 正しい解析・新しい発見・仮説生成

https://r4ds.had.co.nz/explore-intro.html
https://tsutawarudesign.com/

そうは言ってもセンスでしょ? — NO!

https://tsutawarudesign.com/

ある程度はテクニックであり教養。
デザインの基本的なルールを
知りさえすれば誰でも上達する。

同じデータでも見せ方で印象が変わる

平均値の差？ ばらつきの様子？ 軸はゼロから始まる？
目的に合わせて見せ方を吟味しよう。

plot of chunk iris-compare

こんな感じの図もRでラクラク描けるよ


Iwasaki and Innan (2017)

Visualization with R: Index

  • Visualization is important (済)
  • R base plot
  • ggplot2 package
    • basics
    • facetting
    • save images

data.frame

iris はアヤメ属3種150個体に関する測定データ。
Rに最初から入ってて、例としてよく使われる。

print(iris)

    Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width   Species
           <dbl>       <dbl>        <dbl>       <dbl>     <fct>
  1          5.1         3.5          1.4         0.2    setosa
  2          4.9         3.0          1.4         0.2    setosa
  3          4.7         3.2          1.3         0.2    setosa
  4          4.6         3.1          1.5         0.2    setosa
 --                                                            
147          6.3         2.5          5.0         1.9 virginica
148          6.5         3.0          5.2         2.0 virginica
149          6.2         3.4          5.4         2.3 virginica
150          5.9         3.0          5.1         1.8 virginica

長さ150の数値ベクトル4本と因子ベクトル1本。

R標準のグラフィックス

描けるっちゃ描けるけど。カスタマイズしていくのは難しい。

plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)

plot of chunk plot

R標準のグラフィックス

描けるっちゃ描けるけど。カスタマイズしていくのは難しい。

hist(iris$Petal.Length)

plot of chunk hist

R標準のグラフィックス

描けるっちゃ描けるけど。カスタマイズしていくのは難しい。

plot(density(iris$Petal.Length))

plot of chunk plot-density

R標準のグラフィックス

描けるっちゃ描けるけど。カスタマイズしていくのは難しい。

boxplot(Petal.Width ~ Species, data = iris)

plot of chunk boxplot

きれいなグラフを簡単に描けるパッケージを使いたい。

ggplot2

  • tidyverseパッケージ群のひとつ
  • “The **G**rammer of **G**raphics” という体系に基づく設計
  • 単にいろんなグラフを「描ける」だけじゃなく
    一貫性のある文法で合理的に描ける

いきなりggplot2から使い始めても大丈夫

R標準のやつとは根本的に違うシステムで作図する。

基本的な使い方: 指示を + で重ねていく

基本的な使い方: 指示を + で重ねていく

ggplot(data = diamonds)             # diamondsデータでキャンバス準備
# aes(x = carat, y = price) +       # carat,price列をx,y軸にmapping
# geom_point() +                    # 散布図を描く
# facet_wrap(~ clarity) +           # clarity列に応じてパネル分割
# stat_smooth(method = lm) +        # 直線回帰を追加
# coord_cartesian(ylim = c(0, 2e4)) + # y軸の表示範囲を狭く
# theme_classic(base_size = 20)     # クラシックなテーマで

plot of chunk ggplot-plus1

基本的な使い方: 指示を + で重ねていく

ggplot(data = diamonds) +           # diamondsデータでキャンバス準備
  aes(x = carat, y = price)         # carat,price列をx,y軸にmapping
# geom_point() +                    # 散布図を描く
# facet_wrap(~ clarity) +           # clarity列に応じてパネル分割
# stat_smooth(method = lm) +        # 直線回帰を追加
# coord_cartesian(ylim = c(0, 2e4)) + # y軸の表示範囲を狭く
# theme_classic(base_size = 20)     # クラシックなテーマで

plot of chunk ggplot-plus2

基本的な使い方: 指示を + で重ねていく

ggplot(data = diamonds) +           # diamondsデータでキャンバス準備
  aes(x = carat, y = price) +       # carat,price列をx,y軸にmapping
  geom_point()                      # 散布図を描く
# facet_wrap(~ clarity) +           # clarity列に応じてパネル分割
# stat_smooth(method = lm) +        # 直線回帰を追加
# coord_cartesian(ylim = c(0, 2e4)) + # y軸の表示範囲を狭く
# theme_classic(base_size = 20)     # クラシックなテーマで

plot of chunk ggplot-plus3

基本的な使い方: 指示を + で重ねていく

ggplot(data = diamonds) +           # diamondsデータでキャンバス準備
  aes(x = carat, y = price) +       # carat,price列をx,y軸にmapping
  geom_point() +                    # 散布図を描く
  facet_wrap(~ clarity)             # clarity列に応じてパネル分割
# stat_smooth(method = lm) +        # 直線回帰を追加
# coord_cartesian(ylim = c(0, 2e4)) + # y軸の表示範囲を狭く
# theme_classic(base_size = 20)     # クラシックなテーマで

plot of chunk ggplot-plus4

基本的な使い方: 指示を + で重ねていく

ggplot(data = diamonds) +           # diamondsデータでキャンバス準備
  aes(x = carat, y = price) +       # carat,price列をx,y軸にmapping
  geom_point() +                    # 散布図を描く
  facet_wrap(~ clarity) +           # clarity列に応じてパネル分割
  stat_smooth(method = lm)          # 直線回帰を追加
# coord_cartesian(ylim = c(0, 2e4)) + # y軸の表示範囲を狭く
# theme_classic(base_size = 20)     # クラシックなテーマで

plot of chunk ggplot-plus5

基本的な使い方: 指示を + で重ねていく

ggplot(data = diamonds) +           # diamondsデータでキャンバス準備
  aes(x = carat, y = price) +       # carat,price列をx,y軸にmapping
  geom_point() +                    # 散布図を描く
  facet_wrap(~ clarity) +           # clarity列に応じてパネル分割
  stat_smooth(method = lm) +        # 直線回帰を追加
  coord_cartesian(ylim = c(0, 2e4))   # y軸の表示範囲を狭く
# theme_classic(base_size = 20)     # クラシックなテーマで

plot of chunk ggplot-plus6

基本的な使い方: 指示を + で重ねていく

ggplot(data = diamonds) +           # diamondsデータでキャンバス準備
  aes(x = carat, y = price) +       # carat,price列をx,y軸にmapping
  geom_point() +                    # 散布図を描く
  facet_wrap(~ clarity) +           # clarity列に応じてパネル分割
  stat_smooth(method = lm) +        # 直線回帰を追加
  coord_cartesian(ylim = c(0, 2e4)) + # y軸の表示範囲を狭く
  theme_classic(base_size = 20)     # クラシックなテーマで

plot of chunk ggplot-plus7

基本的な使い方: 指示を + で重ねていく

ggplot(data = diamonds) +           # diamondsデータでキャンバス準備
  aes(x = carat, y = price) +       # carat,price列をx,y軸にmapping
  geom_point() +                    # 散布図を描く
# facet_wrap(~ clarity) +           # clarity列に応じてパネル分割
# stat_smooth(method = lm) +        # 直線回帰を追加
# coord_cartesian(ylim = c(0, 2e4)) + # y軸の表示範囲を狭く
  theme_classic(base_size = 20)     # クラシックなテーマで

plot of chunk ggplot-plus8

途中経過オブジェクトを取っておける

p1 = ggplot(data = diamonds)
p2 = p1 + aes(x = carat, y = price)
p3 = p2 + geom_point()
p4 = p3 + facet_wrap(~ clarity)
print(p3)

plot of chunk ggplot-object

普段はあんまりやらなけど、今日は p2 とか使う

よくあるエラー

関数名を ggplot2 だと勘違い:

> ggplot2(diamonds)
Error in ggplot2(diamonds) : could not find function "ggplot2"

ggplot2 はパッケージ名。
今度こそ関数名は合ってるはずなのに…

> ggplot(diamonds)
Error in ggplot(diamonds) : could not find function "ggplot"

パッケージ読み込みを忘れてた。新しくRを起動するたびに必要:

library(tidyverse)  # includes ggplot2
ggplot(diamonds)    # OK!

ggplot() に渡すのは整然データ tidy data

  • 1行は1つの観測
  • 1列は1つの変数
  • 1セルは1つの値
  • この列をX軸、この列をY軸、この列で色わけ、と指定できる！
print(diamonds)

      carat       cut color clarity depth table price     x     y     z
      <dbl>     <ord> <ord>   <ord> <dbl> <dbl> <int> <dbl> <dbl> <dbl>
    1  0.23     Ideal     E     SI2  61.5    55   326  3.95  3.98  2.43
    2  0.21   Premium     E     SI1  59.8    61   326  3.89  3.84  2.31
    3  0.23      Good     E     VS1  56.9    65   327  4.05  4.07  2.31
    4  0.29   Premium     I     VS2  62.4    58   334  4.20  4.23  2.63
   --                                                                  
53937  0.72      Good     D     SI1  63.1    55  2757  5.69  5.75  3.61
53938  0.70 Very Good     D     SI1  62.8    60  2757  5.66  5.68  3.56
53939  0.86   Premium     H     SI2  61.0    58  2757  6.15  6.12  3.74
53940  0.75     Ideal     D     SI2  62.2    55  2757  5.83  5.87  3.64

参考:
data(package = "ggplot2")
https://r4ds.had.co.nz/tidy-data.html
https://speakerdeck.com/fnshr/zheng-ran-detatutenani

Aesthetic mapping でデータと見せ方を紐付け

aes() の中で列名を指定する。

p1 + aes(x = carat, y = price) +
  geom_point(mapping = aes(color = color, size = clarity))

plot of chunk aes-map

データによらず一律でaestheticsを変える

aes() の外で値を指定する。

p1 + aes(x = carat, y = price) +
  geom_point(color = "darkorange", size = 6, alpha = 0.4)

plot of chunk aes-nomap

aesthetics一覧

点と線と文字は color, 面は fill

p1 + aes(x = clarity, y = price) +
  geom_boxplot(color = "darkgreen", fill = "gold", alpha = 0.6)

plot of chunk fill

色パレットの変更 scale_color_*()

個々の色を自分で決めず、既存のパレットを利用するのが吉。
e.g., ColorBrewer, viridis (色覚多様性・グレースケール対策にも有効)

p2 + geom_point(mapping = aes(color = color)) +
  scale_color_viridis_d(option = "plasma") + theme_dark()
# scale_color_brewer(palette = "Spectral")

plot of chunk plasma

値に応じてパネル切り分け (1変数facet)

ggplotの真骨頂！ これをR標準機能でやるのは結構たいへん。

p3 + facet_wrap(~ clarity, ncol = 4L)

plot of chunk facet-wrap

値に応じてパネル切り分け (≥2変数facet)

ggplotの真骨頂！ これをR標準機能でやるのは結構たいへん。

p3 + facet_grid(cut ~ clarity)

plot of chunk facet-grid

多変量データの俯瞰、5次元くらいまで有効

plot of chunk facet-diamonds

値を変えず座標軸を変える scale_*, coord_*

p2 + geom_point(alpha = 0.25) +
  scale_x_log10() +
  scale_y_log10(breaks = c(1, 2, 5, 10) * 1000) +
  coord_cartesian(xlim = c(0.1, 10), ylim = c(800, 12000)) +
  labs(title = "Diamonds", x = "Size (carat)", y = "Price (USD)")

plot of chunk scale-axis

データと関係ない部分の見た目を調整 theme

既存の theme_*() をベースに、theme()関数で微調整。

p3 + theme_bw() + theme(
  panel.background = element_rect(fill = "white"), # 箱
  panel.grid       = element_line(color = "blue"), # 線
  axis.title       = element_text(size = 32),      # 文字
  axis.text        = element_blank()               # 消す
)

plot of chunk theme

基本的な使い方: 指示を + で重ねていく

論文のFigureみたいに並べる

別のパッケージ (cowplot や patchwork) の助けを借りて

pAB = cowplot::plot_grid(p3, p3, labels = c("A", "B"), nrow = 1L)
cowplot::plot_grid(pAB, p3, labels = c("", "C"), ncol=1L)

plot of chunk cowplot

ファイル名もサイズも再現可能な作図

widthやheightが小さいほど、文字・点・線が相対的に大きく

# 7inch x 300dpi = 2100px四方 (デフォルト)
ggsave("dia1.png", p3) # width = 7, height = 7, dpi = 300
# 4     x 300    = 1200  全体7/4倍ズーム
ggsave("dia2.png", p3, width = 4, height = 4) # dpi = 300
# 2     x 600    = 1200  全体をさらに2倍ズーム
ggsave("dia3.png", p3, width = 2, height = 2, dpi = 600)
# 4     x 300    = 1200  テーマを使って文字だけ拡大
ggsave("dia4.png", p3 + theme_bw(base_size = 22), width = 4, height = 4)

他にどんな種類の geom_*() が使える？

なんでもある。 公式サイトを見に行こう。

https://ggplot2.tidyverse.org/

微調整してくと最終的に長いコードになるね…

うん。でもすべての点について後から確認できるし、使い回せる！

ggplot(diamonds) +
  geom_boxplot(aes(y = carat, x = cut, color = cut)) +
  theme_classic(base_size = 15, base_family = "Helvetica") +
  coord_cartesian(ylim = c(-1, 6)) +
  labs(title = "Diamonds", x = "Size (carat)", y = "Price (USD)") +
  theme(axis.title.x = element_text(color = "black", size = 30),
        axis.title.y = element_text(color = "black", size = 30),
        axis.text.x = element_blank(),
        axis.text.y = element_text(color = "black", size = 30),
        axis.line.x = element_line(),
        axis.line.y = element_line(),
        axis.ticks.length = unit(8, "pt"),
        panel.background = element_blank(),
        panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(),
        legend.position = "none",
        plot.margin = grid::unit(c(0.5, 0.5, 1, 0.5), "lines"))

発展的な内容

ggplot2をさらに拡張するパッケージも続々
アニメーション gganimate
重なりを避けてラベル付け ggrepel
グラフ/ネットワーク ggraph
系統樹 ggtree
地図 geom_sf
学術論文向けのいろいろ ggpubr
ggplot2は3Dが苦手
本当に3Dが必要? 色分けやファセットで足りない?
別のパッケージでやる: rgl, plotly, etc.

Summary: Visualization with R

✅ まずデータ全体を可視化してみよう

✅ 一貫性のある文法で合理的に描けるggplot2

✅ 画像出力まできっちりプログラミング

手元のデータでいろいろ可視化してみよう
e.g., iris, diamonds, mpg, economics, txhousing.

参考

R for Data Science — Hadley Wickham and Garrett Grolemund
https://r4ds.had.co.nz/
Book
日本語版書籍(Rではじめるデータサイエンス)
Older versions
「Rにやらせて楽しよう — データの可視化と下ごしらえ」 岩嵜航 2018
「Rを用いたデータ解析の基礎と応用」石川由希 2019 名古屋大学
「Rによるデータ前処理実習」 岩嵜航 2019 東京医科歯科大
ggplot2公式ドキュメント
https://ggplot2.tidyverse.org/