multiのオプションは管理後のFのmultiplier（管理前後でselectivityが同じ） 年数がNULLの場合，VPAの最終年のパラメータを持ってくる。
future.vpa(res0, currentF = NULL, multi = 1, nyear = 10, Pope = res0$input$Pope, outtype = "FULL", multi.year = 1, start.year = NULL, ABC.year = NULL, waa.year = NULL, maa.year = NULL, M.year = NULL, seed = NULL, strategy = "F", HCR = NULL, beta = NULL, delta = NULL, Blim = 0, Bban = 0, plus.group = res0$input$plus.group, N = 1000, silent = FALSE, is.plot = TRUE, random.select = NULL, pre.catch = NULL, rec.new = NULL, recfunc = HS.recAR, rec.arg = list(upper.ssb = Inf, upper.recruit = Inf), Frec = NULL, waa = NULL, waa.catch = NULL, maa = NULL, M = NULL, waa.multi = "opt", waa.optyear = 2011:2013, replace.rec.year = 2012, F.sigma = 0, waa.fun = FALSE, naa0 = NULL, eaa0 = NULL, ssb0 = NULL, faa0 = NULL, add.year = 0, det.run = TRUE)
| currentF | 管理前のF |
|---|---|
| multi | 管理後（ABC.yearから）のF (current F x multi) |
| multi.year | ある特定の年だけFを変えたい場合。デフォルトは1。変える場合は、指定した年またはタイムステップの要素数のベクトルで指定。 |
| start.year | 将来予測の開始年，NULLの場合はVPA計算の最終年の次の年 |
| ABC.year | ABC yearを計算する年。NULLの場合はVPA計算の最終年の次の次の年 |
| waa.year | VPA結果から生物パラメータをもってきて平均する期間 |
| maa.year | VPA結果から生物パラメータをもってきて平均する期間 |
| M.year | VPA結果から生物パラメータをもってきて平均する期間 |
| strategy | F: 漁獲係数一定, E: 漁獲割合一定、C: 漁獲量一定（pre.catchで漁獲量を指定） |
| HCR | HCRを使う場合、list(Blim=154500, Bban=49400,beta=1)のように指定するか、以下の引数をセットする, |
| N | 確率的なシミュレーションをする場合の繰り返し回数。 N+1の結果が返され、1列目に決定論的な結果が 0を与えると決定論的な結果のみを出力 |
| silent, is.plot | 計算条件を出力、プロットするか |
| random.select | 選択率をランダムリサンプリングする場合、ランダムリサンプリングする年を入れる strategy="C"または"E"のときのみ有効 |
| pre.catch | list(year=2012,wcatch=13000), 漁獲重量をgivenで与える場合 list(year=2012:2017,E=rep(0.5,6)), 漁獲割合をgivenで与える場合 |
| rec.new | 指定した年の加入量 年を指定しないで与える場合は、自動的にスタート年の加入になる。 list(year=, rec=)で与える場合は、対応する年の加入を置き換える。 |
| recfunc | 再生産関係の関数 |
| rec.arg | 加入関数の各種設定 |
| Frec | Frec計算のための設定リストを与えると、指定された設定でのFrecに対応するFで将来予測を行う list(stochastic=TRUE, # TRUEの場合、stochastic simulationで50 FALSEの場合、RPS固定のprojectionがBilmitと一致する(NSK) future.year=2018, # 何年の資源量を見るか？ Blimit=4501000, # Blimit (xトン) scenario="catch.mean" or "blimit" (デフォルトはblimit; "catch.mean"とするとstochastic simulationにおける平均漁獲量がBlimitで指定した値と一致するようになる) Frange=c(0.01,2mult)) # Fの探索範囲 |
| waa, waa.catch, maa, M | 季節毎の生物パラメータ、または、生物パラメータを外から与える場合 |
| waa.multi | waa.optyearに対応する年について、暦年漁獲量と一致するようにwaaを最適化するか？ "opt"の場合、内部で最適化。waa.optyearの長さ分のベクトルを与えて指定することもできる（ts>1のときのオプション） |
| waa.optyear | waa.optyearをするときに、置き換えるwaaの年 |
| replace.rec.year | 加入量を暦年の将来予測での加入量に置き換えるか？ |
| waa.fun | waaをnaaのfunctionとするか |
| add.year | 岡村オプションに対応。=1で1年分余計に計算する |
| det.run | 1回めのランは決定論的将来予測をする（完璧には対応していない） |