Heavy Watal

PAML

Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood

http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html

https://www.biostars.org/p/5817/

Installation

  1. 作者のウェブサイト からソースコード paml*.*.tgz をダウンロードして展開:

    % wget -O- http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml4.8.tgz | tar xz
    
  2. 中に cd してWindows用の実行ファイル *.exe を削除:

    % cd paml4.8/
    % rm -f bin/*.exe
    
  3. src/Makefile を適宜書き換えてコンパイル:

    % make -C src/
    
  4. できあがった実行ファイルだけを bin/ に移動:

    % mv src/*(*) bin/
    
  5. このフォルダごと /usr/local/paml らへんに移動:

    % cd ..
    % sudo mv paml4.8 /usr/local/
    % sudo ln -s paml4.8 /usr/local/paml
    
  6. パスを通す。例えば .zshenv とかに以下のように記述:

    PATH=${PATH}:/usr/local/paml/bin
    

Macなら Homebrew で入れることもできる。

Sub-programs

baseml

basemlg

chi2

codeml

evolver

infinitesites

mcmctree

pamp

yn00
配列ペア間の $d_N$ と $d_S$ を推定。 Yang and Nielsen (2000) MBE

Citation

Yang (1997) Comput Appl Biosci

Yang (2007) MBE