Heavy Watal

MrBayes

http://mrbayes.sourceforge.net/

Installation

  1. OpenMPI をインストール:

    % sudo apt-get install libopenmpi1.5-dev openmpi1.5-bin
    
  2. ソースコードをダウンロードして展開:

    % wget -O- http://sourceforge.net/projects/mrbayes/files/mrbayes/3.2.2/mrbayes-3.2.2.tar.gz/download | tar xz
    
  3. コンパイルの仕方を調べて実行:

    % cd mrbayes-3.2.2/src/
    % less CompileInstructions.txt
    % autoconf
    % ./configure --with-beagle=no --enable-mpi=yes
    
  4. ビルド:

    % make
    

    このようなエラーが出たら:

    `undefined reference to __exp_finite`
    `undefined reference to __log_finite`
    

    LDFLAGS がオブジェクトのあとに来るように、 Makefile のターゲット mb を書き換える:

    mb: $(OBJECTS)
            $(CC) $(CFLAGS) $^ $(LDFLAGS) $(OUTPUT_OPTION)
    
  5. インストール:

    % sudo cp mb /usr/local/bin/
    % sudo cp mb /nfsroot/usr/local/bin/