Heavy Watal

EMBOSS

The European Molecular Biology Open Software Suite

http://emboss.sourceforge.net/

Installation

  1. ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/ からソースコードをダウンロードしてきて展開し、 そのディレクトリに cd する:

    % wget -O- ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/EMBOSS-latest.tar.gz | tar xz
    % cd EMBOSS-6.6.0/
    
  2. コンパイルしてインストール:

    % ./configure --disable-debug --disable-dependency-tracking --enable-64 --with-thread --without-x --prefix=/usr/local/emboss
    % make && make check
    % sudo make install
    
  3. パスを通す。 例えば .zshenv.bashrc に以下のように記述する:

    export PATH=${PATH}:/usr/local/emboss/bin
    

Mac なら Homebrew でも入れられる

% brew tap homebrew/science
% brew install emboss

EMBASSY

http://emboss.sourceforge.net/embassy/

PHYLIP

PHYLogeny Inference Package

http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

本家PHYLIPに含まれる protdist や dnadist はコマンドライン引数が取れないので、そのままでは大変使いにくい。 そのへんを改良したPHYLIPNEWというのがEMBASSYパッケージとして提供されているのでこっちを使う。 しかもこっちなら BioPython から使うこともできるっぽい。 元のPHYLIPと区別するためか、プログラム名の先頭にすべて f が付く。

  1. EMBOSSをインストール
  2. ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/ からソースコードをダウンロードして展開し、 そこに cd する:

    % wget -O- ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/PHYLIPNEW-3.69.tar.gz | tar xz
    % cd PHYLIPNEW-3.69/
    
  3. EMBOSSと同じ prefix を指定して configure 、コンパイル、インストール:

    % ./configure --prefix=/usr/local/emboss --without-x
    % make
    % sudo make install
    
  4. EMBOSSインストール時にパスを通してあればそのまま使えるはず:

    % fdnadist --help
    

make すると /usr/local/emboss/include/ajreg.h:19: fatal error: pcre_config.h: No such file or directory のように怒られる場合がある。 どっちかっつーとEMBOSSの問題だと思うんだけど、 そのファイルは /usr/local/emboss/include/ ではなく その下の epcre/ にインストールされている。 configure かコンパイルの時に -I オプションか何かを指定してやるのが 正しい解決なのかもしれないけど、簡単にシムリンクを張ってやり過ごす

% cd /usr/local/emboss/include/
% sudo ln -s epcre/* ./

GEMBASSY

http://www.g-language.org/gembassy/